L'histoire reprend après que Peter ait opéré Pan ; exténué, il s'endort. Au réveil, les habitants de l'île lui annonce la mort de Pan. Peter, désespéré, part dans la forêt ; il repense alors aux recommandations de Kundal, lui disant de bien se laver les mains avant l'opération. Peter se croit alors coupable de la mort de son ami pour ne pas s'être lavé les mains.
Il s'enfonce encore plus profondément dans la forêt ; il sera retrouvé par les indiens et les habitants de l'île qui lui feront comprendre que le seul coupable de la mort de Pan est le capitaine Crochet. S'en suit une bataille dans le lagon entre les pirates, les indiens et les habitants de l'île. Peter affronte Crochet et lui coupe la main droite pour venger Pan. Les pirates fuient.
Peter prend une poignée des cendres du bûcher funéraire de Pan et la mange : il devient Peter Pan.
Peter repart à Londres chercher ses amis pour combattre les pirates...